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COVID-19 et pays en développement: stratégie de tests groupés

Publié le 29 octobre 2020 Mis à jour le 3 novembre 2020

Dans un article de Nature, des chercheurs proposent des méthodes pour permettre des tests de dépistage de groupe à grande échelle fiables en condition de faible prévalence. Une méthode qui vise à répondre au défi du coût de ces tests PCR et de la durée d’obtention de résultats. Des essais sur terrain sont en cours au Rwanda et en Afrique du Sud.

Face à la pandémie de COVID-19, les tests de dépistage « PCR », technique de base des laboratoires de biologie moléculaire pour identifier les personnes infectées sont précis, fiables mais coûteux. 

Le coût est un défi en particulier pour les pays en développement. Il peut être réduit en regroupant (ou en combinant) des échantillons et en les testant en groupe. Un équilibre doit cependant être trouvé entre l'augmentation de la taille du groupe et le maintien de la sensibilité du test, car la dilution de l'échantillon augmente la probabilité de faux négatifs pour les individus à faible charge virale dans la région échantillonnée au moment du test. De même, minimiser le nombre de tests pour réduire les coûts doit être contrebalancé par la minimisation du temps nécessaire aux tests pour réduire la propagation de l'infection. 

Dans un article publié sur le site de la revue Nature le 21 octobre, des chercheurs - parmi lesquels Jacob Souopgui, Département de Biologie moléculaire, Faculté des Sciences - proposent un algorithme de regroupement d’échantillons basé sur la géométrie d'un hypercube qui, à faible prévalence, identifie avec précision les individus infectés dans un petit nombre de tests et de séries de tests. Les auteurs discutent de la taille optimale du groupe; quantifient la perte de sensibilité due à la dilution et proposent des manières de l’atténuer. 

« Avec l'utilisation de ces méthodes, le coût des tests de masse pourrait être réduit par un facteur important qui, en outre, augmente à mesure que la prévalence diminue. Des essais sur terrain de notre approche sont en cours au Rwanda et en Afrique du Sud. L'utilisation de tests de groupe à grande échelle pour surveiller étroitement et en permanence l'infection dans une population, ainsi que l'isolement rapide et efficace des personnes infectées, offre une voie prometteuse pour le contrôle à long terme du COVID-19 » conclut Jacob Souopgui, Département de Biologie Moléculaire, Faculté des Sciences.


 
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