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Le coronavirus : un an après, un bilan mitigé

Publié le 18 janvier 2021 Mis à jour le 18 janvier 2021

Le coronavirus a fait son entrée dans notre quotidien depuis un an. Qu’est-ce qu’on a appris ? Qu’est-ce qui a changé ? Qu’est-ce qui pourrait être amélioré ? On fait le point avec Simon Dellicour, épidémiologiste au Laboratoire d’Épidémiologie Spatiale.

Comme tous les virus à ARN, le SARS-CoV-2 mute fréquemment. Pour un virus à ARN, il est cependant dans la moyenne basse en termes de taux de mutation. Mais depuis quelques semaines, plusieurs variants du virus inquiètent, notamment parce qu’ils semblent associés à une plus grande transmissibilité. C’est le cas des variants dits « anglais », « sud-africain » et « brésilien ».

Prenons le cas du variant anglais pour lequel beaucoup de données sont disponibles grâce à une importante surveillance génomique Outre-Manche. S'il semble se transmettre plus facilement, les analyses n'indiquent pas, pour l'instant, que ce variant soit plus virulent ni que les vaccins soient moins efficaces pour se protéger contre lui. Ne serait-ce que par principe de précaution, il convient toutefois de suivre la situation avec attention et de tout faire pour retarder la circulation active de ce virus chez nous. De manière à « gagner du temps pour laisser la campagne de vaccination avancer le plus possible et pour se rapprocher un maximum du printemps parce qu’on sait qu’au printemps on saura plus facilement reprendre le contrôle de l’épidémie », précise Simon Dellicour, chercheur au Laboratoire d’Épidémiologie Spatiale (SpELL).

La surveillance génomique

Certes modeste, on a en Belgique une surveillance génomique depuis le début de la crise. Mais avec l’arrivée de la menace du variant détecté en Angleterre et ensuite celui détecté en Afrique du Sud, les autorités ont demandé que la surveillance génomique soit augmentée. Il y a un financement fédéral qui permet maintenant de décupler la capacité de la surveillance génomique. En juin, moins de 1000 génomes avaient été séquencés pour la Belgique. Ici, l’objectif est d’atteindre le séquençage de 1000 génomes par semaine.

La plateforme, qui réunit plusieurs universités du pays, a plusieurs objectifs : la surveillance active, la surveillance passive, et des analyses approfondies pour mieux comprendre la dynamique de dispersion des différents variants (nouveaux ou non). L’objectif de surveillance active consiste à identifier un maximum de cas d’infection liés à ces nouveaux variants, notamment via le dépistage de voyageurs revenant de zones à risque. En parallèle, l’objectif de la surveillance passive consiste à continuer de séquencer des échantillons positifs sélectionnés de manière aléatoire, ce qui permet de continuer à avoir une estimation de la diversité des lignées génétiques du virus circulant sur notre territoire. Face à une reprise locale ou globale de l’épidémie, il sera informatif de pouvoir identifier si celle-ci peut être attribuée à un des nouveaux variants. Enfin, des analyses phylogénétiques seront également réalisées pour augmenter notre niveau de compréhension de la dynamique de dispersion des lignées virales dans le temps et dans l’espace, notamment via une comparaison des différents variants de virus.

Pour communiquer ces résultats, Simon Dellicour et des collègues de la KU Leuven ont décidé de mettre en place une instance belge de la plateforme de visualisation phylogénétique « Nextstrain ». Cette dernière propose une analyse phylogénétique simplifiée en ligne qui permet à tout un chacun de suivre les arbres phylogénétiques en lien avec le territoire. Nextstrain propose une reconstruction mondiale et des reconstructions plus spécifiques en fonction des continents. « Nous on a développé une reconstruction spécifique à la Belgique », explique l’épidémiologiste, « notamment dans le but de faciliter la communication de la plateforme de surveillance génomique ».

Manque de données scientifiques

En un an, on a énormément appris sur le nouveau coronavirus. Cette crise a sans doute contribué à remettre la science et la recherche scientifique à l’avant-plan : « Les gens attendent un vaccin, ils veulent savoir si un nouveau variant est plus transmissible, quels sont les modes transmission les plus importants du virus, etc. On n’a jamais autant parlé de sciences dans les médias et même dans les conversations familiales ». Mais pour Simon Dellicour, il reste encore beaucoup de zones d’ombre, et notamment sur l’origine du coronavirus. De même, en Belgique, on pourrait sans doute faire davantage pour identifier l’importance relative des différents lieux de contamination. Et à ce sujet, il dénonce le manque d’accès aux données scientifiques en Belgique. « On passe à côté d’un potentiel analytique gigantesque en ne partageant pas l’entièreté des données avec l’ensemble de la communauté scientifique et même au-delà. Même si le partage des données peut bien sûr s’avérer compliqué, notamment pour des raisons de protection de la vie privée, ce n’est pas stratégique que des scientifiques ayant les compétences et la motivation de faire des analyses ne puissent pas les faire. »

Violaine Jadoul