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Sur les traces génétiques du virus

Publié le 21 août 2020 Mis à jour le 15 septembre 2020

L’histoire du SARS-CoV-2 n’est pas encore complètement comprise : où, quand, comment est-il passé de l’animal à l’homme ? Mais une certitude : il aura suffi d’un cas en Chine pour déclencher une pandémie. La dynamique de dispersion commence à se dessiner. Simon Dellicour, épidémiologiste moléculaire à l’ULB a suivi l’histoire de dispersion du virus jusqu’en Belgique.

Il y a quelques mois, quelque part en Chine, le virus SARS-CoV-2 est passé de l’animal à l’homme. Quand précisément? Quel animal? Il y a encore beaucoup d’inconnues; hormis le consensus scientifique sur le fait qu'aujourd'hui, rien n'indique que le virus a été créé en laboratoire: le virus était présent dans une population animale et vers fin novembre 2019, il y a eu un « événement de transition » vers l’homme. Un seul événement qui va déclencher en quelques semaines une pandémie à laquelle n’échappera aucun continent, aucun pays ou presque. L’effet papillon, version épidémiologique! 

Il est très probable que le virus était déjà chez nous avant les vacances de Carnaval 

La Belgique est elle aussi touchée et aujourd’hui, les chercheurs sont capables de reconstruire l’arbre phylogénétique du SARS-CoV-2. Cet arbre nous informe notamment sur l’importance des événements indépendants d’introduction du virus sur le territoire belge. En effet, plusieurs personnes infectées ont amené le virus en Belgique; on est donc loin du patient zéro unique.

« Même s’il mute moins que d’autres virus à ARN, le SARS-CoV-2 mute néanmoins beaucoup. Toutefois, la très grande majorité de ces mutations n’impactent ni sa capacité de transmission ni sa virulence. En revanche, cette variabilité génétique qui existe entre les virus de l’épidémie nous permet de reconstruire l’arbre phylogénétique les reliant. Cet arbre est tellement précis qu’on peut le cartographier dans l’espace et dans le temps et ainsi estimer l’histoire de dispersion des lignées virales échantillonnées. C’est ce que nous avons notamment fait à l’échelle de la Belgique » explique Simon Dellicour, chercheur FNRS en Faculté des Sciences, ULB. « De plus, l’analyse de l’arbre phylogénétique global nous a également informé sur l’importance des événements d’introduction dans l’établissement de chaines de transmission en Belgique, et sur le fait qu’il est très probable que le virus était déjà chez nous avant les vacances de Carnaval, même si le retour des vacances a très certainement entrainé une arrivée importante du SARS-CoV-2 ».


Le virus a continué à circuler sur de longues distances pendant le confinement

L’ épidémiologiste moléculaire s’est également intéressé, avec des collègues de l’ULiège et de la KU Leuven, à la dynamique de dispersion du virus pendant le confinement. « Si le taux de reproduction du virus a diminué en période de confinement, en revanche, on voit que le virus a continué à circuler sur de longues distances au sein de la Belgique pendant cette période de confinement. Une telle dispersion peut étonner puisque nos déplacements étaient limités durant cette période. Nous avons collaboré avec des collègues d’Oxford et de plusieurs universités brésiliennes et montré un phénomène similaire au Brésil, pays évidemment beaucoup plus grand que le nôtre : là aussi, on assiste à une forte dispersion aux quatre coins du pays, qu’on a pu associer à des déplacements en avion » constate Simon Dellicour. 

Prochaine étape pour le chercheur? Travailler avec un réseau de collaborateurs européens pour analyser la dynamique de dispersion des lignées virales au sein de l’Union européenne. 

Eviter que des foyers de virus ne se transforment en brasiers

Et si l’épidémiologie moléculaire est un outil rétrospectif et non prédictif, on le sait, comprendre le passé permet souvent de mieux appréhender le futur. Ca vaut aussi face à une pandémie. « Je prends souvent la comparaison du feu de forêt. Lors du pic épidémique, nous avons dû éteindre un gigantesque incendie. Dans les semaines et mois à venir, il y aura encore des foyers du virus chez nous mais le but, c’est d’éviter qu’ils ne s’étendent et se transforment en brasiers difficiles à contrôler.  En comprenant mieux l’histoire et la dynamique de dispersion du virus, cela peut nous aider à prévenir un nouvel embrasement ».

 
Nathalie Gobbe
 
 
Petit lexique avec Simon Dellicour, chercheur FNRS en Faculté des Sciences ULB

L'épidémiologie moléculaire, c'est

l’analyse des génomes d’un agent pathogène (très souvent un virus) pour aborder des questions épidémiologiques.
 

et un arbre phylogénétique?

En comparant les différentes mutations qui ont eu lieu dans leur génome, les chercheurs peuvent inférer les relations évolutives entre différents virus, et ce même au sein d’une épidémie en particulier. Ces relations évolutives sont représentées à l’aide d’arbres phylogénétiques qui, lorsqu’ils sont suffisamment précis, peuvent être cartographiés dans le temps et dans l’espace.

Contact
Communication Recherche : com.recherche@ulb.ac.be